Nadat bio-informaticus dr. Jeroen de Ridder samen met moleculair geneticus dr. Wigard Kloosterman op basis van de nanoporetechnologie een methode had ontwikkeld die snel en zeer nauwkeurig DNA kan sequencen, wierpen zij de vraag op: ‘Wat kun je hiermee in de diagnostiek?’ Het leidde tot de oprichting van het bedrijf Cyclomics.
Een in Delft opgeleide elektrotechnicus en (snelle) diagnostiek van kanker. Het lijkt in eerste instantie een vreemde combinatie. “Dat zit zo”, legt Jeroen de Ridder uit. “Een onderdeel van mijn studie in Delft destijds had betrekking op signaalverwerking, met name het verwerken van beeld- en geluidsignalen. In het digitale tijdperk zijn we dat dataverwerking gaan noemen. Vakgebieden waarin de afgelopen pakweg twintig jaar de behoefte aan dataverwerking een enorme vlucht heeft genomen, zijn de biologie en de geneeskunde. Dat leidde tot de opkomst van de bio-informatica, het vakgebied dat zich bezighoudt met het verwerken en analyseren van grote biologische datasets. Ik vond dat een interessant gebied en ben in mijn afstudeertijd aan de slag gegaan met het ontwikkelen van wat toen patroonherkenning werd genoemd voor een genetische dataset van het Nederlands Kanker Instituut (NKI) binnen het Antoni van Leeuwenhoek in Amsterdam. Mijn collega’s daar hebben me toen flink bijgespijkerd wat betreft mijn kennis van de biologie van kanker. Dat onderzoek kon ik na mijn afstuderen voortzetten in de vorm van een promotieonderzoek, waarna ik in 2010 een vaste aanstelling kreeg aan de afdeling Bio-informatica van de Technische Universiteit Delft.”
Nanoporetechnologie
“In 2016 wilde ik mijn kennis meer klinisch gaan inzetten. Ik wilde bij wijze van spreken dagelijks in aanraking komen met ‘witte jassen’. Ik kon toen aan het UMC Utrecht een aanstelling krijgen als principal investigator binnen het Center for Molecular Medicine. Ik richtte mijn onderzoek onder andere op de analyse van genexpressieprofielen van tumoren. In Utrecht deelde ik mijn kantoor met Wigard Kloosterman, die onderzoek deed naar het gebruik van de nanoporetechnologie. Dat is een manier om DNA te sequencen door de DNA-strengen door een kleine porie te trekken en daarbij de volgorde van de basen in de DNA-streng af te lezen. Zoiets levert natuurlijk een enorme berg data op, en dat was waar onze expertise en interesse mooi op elkaar aansloten.
Tijdens het nuttigen van het spreekwoordelijke boterhammetje met kaas tussen de middag, vroegen we ons op een gegeven moment af wat een praktische toepassing van deze techniek zou kunnen zijn. Daarbij kwamen we uit op mutatieanalyse van DNA in liquid biopsies. Liquid biopsies kwamen enkele jaren geleden in beeld als een patiëntvriendelijke manier om de aanwezigheid van tumoren in het lichaam te detecteren. We zijn daarop aan de slag gegaan om de nanoporetechniek zodanig te innoveren dat deze in staat is met zeer hoge betrouwbaarheid mutaties aan te tonen in het minieme beetje DNA dat verkregen kan worden uit liquid biopsies.”
Verantwoordelijkheid nemen
“Toen volgens ons de techniek gevoelig genoeg was, wilde ik ook graag de volgende stap zetten: er een product van maken dat verkocht kan worden en dus daadwerkelijk ten goede kan komen aan de gezondheidszorg. Ik vind het niet voldoende om aan het einde van een wetenschappelijk artikel te vermelden dat de beschreven techniek potentieel van waarde kan zijn voor de zorg en het hier vervolgens bij laten. Ik wil graag zelf de verantwoordelijkheid nemen en de stappen zetten die nodig zijn om te zorgen dat de zorg, lees de patiënt, uiteindelijk baat heeft bij mijn wetenschappelijke werk. Het gevolg was dat ik samen met Wigard Kloosterman en moleculair bioloog dr. Alessio Marcozzi, die als postdoc had meegewerkt aan de ontwikkeling van de techniek, het bedrijf Cyclomics heb opgericht.”
Oncode
“Zoals iedere wetenschapper die in het bedrijfsleven stapt je kan vertellen, kom je er dan snel achter dat je tal van nieuwe competenties eigen moet maken of daarvoor de deskundigheid van anderen moet inkopen. We deden daarom kort na de oprichting van het bedrijf mee aan de Venture Challenge van Health Holland. Dat is als het ware een competitie in de vorm van een stoomcursus ondernemerschap voor academici, die wordt afgesloten met een pitch. Wij wonnen die challenge, wat behalve een welkom geldbedrag ook meteen een portie zelfvertrouwen opleverde. Een half jaar later wisten we ook een Take-off grant van NWO in de wacht te slepen.
Anderhalf jaar geleden werd ik geselecteerd als wetenschapper/ondernemer om deel uit te gaan maken van het Oncode Institute. Dat streeft ernaar fundamentele kennis over kanker zo snel mogelijk in de kliniek te kunnen toepassen. Ons verhaal paste daar mooi in. En het mooie is dat het Oncode Institute naast financiële ondersteuning ook veel praktische ondersteuning aan je startup biedt. Zoals hulp bij het beschermen van je intellectuele eigendom, je trainen in het contact leggen met potentiële investeerders, enzovoort. Dat voelde als een warm bad.”
Proof of competence
“Al met al heeft dat ertoe geleid dat we nu samen met het bedrijf dat de nanoporetechnologie in zijn oorspronkelijke vorm heeft ontwikkeld, Oxford Nanopore Technology, onderzoeken of wij via hun kanalen onze test kunnen gaan aanbieden aan artsen en onderzoekers voor gebruik in een onderzoekssetting. Dat zou ons antwoord kunnen geven op de vraag of er behoefte is aan dit product en of het in de dagelijkse praktijk voldoet. Dat zou, naast een bron van inkomsten, voor ons vooral ook een proof of competence zijn. We kunnen dan laten zien dat we in staat zijn een wetenschappelijk idee uit te werken tot een succesvol product. De reacties die we van de eerste klanten krijgen, kunnen we bovendien gebruiken om ons product gereed te maken voor klinische toepassingen. Dat laatste vereist dat we ons product, zowel de reagentia als de software, onder strikt gecontroleerde omstandigheden kunnen maken en dat het een stabiele kwaliteit heeft.
Ik hoop dat het ons lukt om dat laatste binnen een jaar vanaf nu voor elkaar te krijgen. Daarvoor zijn we echter mede afhankelijk van de hoeveelheid financiering die we kunnen binnenhalen. En wat dat betreft zit het nu niet echt mee. De coronapandemie maakt het startups extra lastig. Veel potentiële investeerders zijn op dit moment huiverig om te investeren in nieuwe startups. Ze proberen met man en macht de bedrijven waarin ze al hebben geïnvesteerd overeind te houden. Daarnaast is ook de preklinische trial die we samen met het UMC Utrecht uitvoeren, de afgelopen maanden stil komen te liggen. Want vanwege de coronapandemie was het ziekenhuis gesloten voor veel fundamenteel onderzoekers. Het wordt dus spannend of we de komende tijd ons hoofd boven water weten te houden.”
Dr. Marten Dooper, wetenschapsjournalist
Oncologie Up-to-date 2020 vol 11 nummer 4
DEEL DIT ARTIKEL:
