Dr. Astrid Eijkelenboom, KMBP in het Radboudumc, Nijmegen, besprak tijdens de 13e bijeenkomst van de werkgroep Moleculaire diagnostiek in de pathologie de detectie van genamplificaties in beschikbare data van next generation sequencing: van laboratoriumdata tot klinische rapportage. Joyce Radersma-van Loon, senior analist in het UMC Utrecht en gedetacheerd bij PALGA, is betrokken bij het landelijk implementeren van de PALGA-protocolmodule Moleculaire diagnostiek.
Project PATH (predictieve analyse voor therapie) is een samenwerking tussen oncologen, longartsen, stichting Pathologisch-Anatomisch Landelijk Geautomatiseerd Archief (PALGA), patiëntenverenigingen en veertig pathologielaboratoria in Nederland, met als doel om met een gecoördineerde aanpak precisiemedicijnen beter toegankelijk te maken voor alle patiënten met kanker in Nederland. In het kader van het PATH-project werd in maart vorig jaar een bijeenkomst georganiseerd over de detectie, interpretatie en rapportage van genamplificaties en copynumbervariaties in gegevens van next generation sequencing (NGS).
Genamplificaties
Astrid Eijkelenboom legde uit dat genamplificaties vaak drivers zijn van tumorontwikkeling en dat hun detectie van belang kan zijn voor de therapiekeuze of kan bijdragen aan de differentiaaldiagnose. Traditioneel worden ze aangetoond met fluorescente-in-situhybridisatie, maar in toenemende mate worden hiervoor ook NGS-analyses gebruikt. Als voorbeeld noemde Eijkelenboom niet-kleincellig longcarcinoom, waarbij NGS wordt toegepast voor sequentieanalyse: bij minder dan 5% is sprake van een MET-amplificatie. “Het is belangrijk dat men zich realiseert dat de betrouwbaarheid van amplificatiedetectie middels NGS afhankelijk is van de samenstelling van de test en het percentage tumorcellen.”
Wat betreft het rapporteren moet de gevoeligheid van de test helder zijn en is er consensus dat, naast de naam van het afwijkende gen, het type afwijking (amplificatie, deletie) en een inschatting van het aantal genkopieën (voornamelijk relevant bij genamplificatie) moet worden opgenomen. “Men moet duidelijk kunnen maken dat amplificaties kunnen worden gemist zodra het tumorcelpercentage aan de lage kant is. Optioneel kunnen ook bepaalde statistische waarden worden gerapporteerd, vooral van belang voor het laboratorium om na te gaan in hoeverre sprake was van technische ruis.”
Protocol
Joyce Radersma-van Loon heeft na een periode van uitvoerig testen in september de PALGA-protocolmodule Moleculaire diagnostiek geïmplementeerd in het UMC Utrecht. Daarmee kunnen afwijkingen in tumor-DNA gestandaardiseerd worden ingevoerd. Gestandaardiseerde rapportage van dit soort DNA-afwijkingen in PALGA maakt het mogelijk om ook in de toekomst sneller te leren hoe doelgerichte medicijnen het beste kunnen worden ingezet voor patiënten met kanker.”
Radersma is in het kader van het PATH-project sinds september 2018 gedetacheerd bij PALGA en vanuit die functie beschikbaar om andere laboratoria te helpen bij de implementatie van de protocolmodule en zo de verslaglegging te uniformeren. “In oktober waren er vier pathologielaboratoria die het protocol hadden geïmplementeerd. Er is actief contact met dertien laboratoria, waarvan een aantal bijna klaar is om te starten met het gebruik van de protocolmodule.”
Dr. Jan Hein van Dierendonck, wetenschapsjournalist
Oncologie Up-to-date 2019 vol 10 nummer 2
DEEL DIT ARTIKEL:
